Paviršinių nuotekų (lietaus) sistema nuosavybės teise priklauso Šiaulių miesto savivaldybei. 2015 m. gruodžio 28 d. Šiaulių miesto savivaldybės tarybos sprendimu Nr. T-356 UAB „Šiaulių vandenys“ buvo paskirta Šiaulių miesto teritorijos paviršinių nuotekų tvarkytoja.
2018 m. spalio 4 d. Šiaulių miesto savivaldybės tarybos sprendimu Nr. T-346 patvirtintas „Šiaulių miesto paviršinių nuotekų tvarkymo infrastruktūros plėtros specialusis planas“.
Paviršinių nuotekų tvarkymo sistemą sudaro lietaus surinkimo grotelės, šuliniai, tinklai, paviršinių nuotekų valyklos ir išleistuvai.
UAB „Šiaulių vandenys“ eksploatuoja 264,2 km paviršinių nuotekų tinklų, iš jų 165,6 km valdo nuosavybės teise.
Miesto teritorijoje paviršinės nuotekos tvarkomos centralizuotai ir decentralizuotai. Centralizuotai paviršinės nuotekos surenkamos nuo 1701 ha teritorijos, decentralizuotai – nuo 6409 ha. Decentralizuotai paviršinės nuotekos tvarkomos įmonių teritorijose: surinktas lietaus vanduo pirmiausia išvalomas individualiose nuotekų tvarkymo sistemose ir tik tada išleidžiamas į centralizuotą sistemą.
Bendrovė prižiūri 6 paviršinių nuotekų valyklas (K. Kalinausko g., J. Jablonskio g., dvi Pramoninio parko teritorijoje, Pakruojo–Tilžės gatvių sankryžoje ir Vilniaus g. ties Prūdelio tvenkiniu (naftos produktų skirtuvas) ir 3 paviršinių nuotekų siurblines (A. Mickevičiaus g., Poilsio g. ir Pakapės g.). Nuosavybės teise UAB „Šiaulių vandenys“ priklauso dvi valyklos – Vilniaus g. ir viena Industriniame parke.
Metinis paviršinių nuotekų valymo įrenginių debitas – 1216,2 tūkst. kub. m. Projektiniai paviršinių nuotekų išvalymo rodikliai: naftos – iki 5 mg/l (K. Kalinausko g. valykloje – naftos iki 1 mg/l), suspenduotų medžiagų – 30 mg/l.
Centralizuotai surinktas paviršinis vanduo nuo netaršių objektų (stogų, pėsčiųjų takų ar parkų), kurio nereikia valyti ir paviršinis vanduo, išvalytas nuotekų valymo įrenginiuose, per 97 mieste įrengtus išleistuvus išleidžiamas į atvirus vandens telkinius – Vijolės ir Kulpės upes, Talkšos, Ginkūnų, Rėkyvos ežerus ir Prūdelio tvenkinį.
Paviršinių nuotekų sistemą būtina reguliariai prižiūrėti ir valyti, kad grioviuose nesikauptų sąnašos, neaugtų žolės ir krūmai, nepakiltų vandens lygis ir neužlietų grioviuose esančių vandens išleidėjų.
Nuo paviršinių nuotekų sistemos priežiūros priklauso miesto gatvių būklė, transporto eismo sąlygos liūčių ir polaidžio metu, vandens telkinių ekologinė pusiausvyra.